Первым директором Ботанического сада стал П. И. Малиновский.

Иркутский государственный университет приступил к составлению генерального плана, разбивки всей отведенной под ботанический сад площади и уже 29 ноября 1940 года был предоставлен проект генерального плана. По мнению директора Ботанического сада, Павла Ивановича Малиновского сад «…должен представлять собою научное учреждение по изучению, переделке и показу флоры и растительности Восточной Сибири, являясь в то же время местом для разумного отдыха трудящихся».           

В годы Великой Отечественной войны Ботанический сад служил продовольственной базой для профессорско-преподавательского состава ИГУ. На территории БС отводилось не менее 2 га под огородные культуры для столовой ИГУ. Несмотря на тяготы войны, в Саду продолжалась работа по интродукции растений, производились посадки тополя, лиственницы, ясеня, боярышника, жимолости, облепихи, ирги, шиповника и других культур.

В это время сотрудники кафедры ботаники начали проводить в Ботаническом саду исследовательскую работу. Так, заведующий кафедрой ботаники ИГУ доцент М.А.Иванов занял 1500 м² под посевы  пшеницы, томатов, картофеля, табака, мака с целью сортоиспытания, размножения и получения новых сортов. Доцент Н.А. Епова проводила опытные посевы лекарственных растений для выяснения их поведения в культуре.

В 1960-е годы начал формироваться коллектив научных сотрудников, появились научные программы. Важный вклад в развитие и изучений коллекций внесли Р.Н. Иванова, А.К. Винтер, Ю.С. Корзинников, Г.М.Зарубин, М.А.Хилов, Е.А.Шаренкова и др.

В начале 70-х годов сад был передан в управление в хозяйственную часть ИГУ, штат научных работников сокращен. Но благодаря энергичной работе и поддержке коллектива директору Сада Михаилу Алексеевичу Курочкину удалось сохранить основные коллекции и уберечь сад от разрушения.

В 1980-е годы коллекции опять начали развиваться благодаря энтузиазму сотрудников сада. Директором была назначена Галина Петровна Беловежец, которая улучшила учет коллекций, научную работу с дендрофлорой. Всего в ботаническом саду насчитывали 1324 вида, сорта и формы растений. В эти годы Ботанический сад ИГУ был признан одним из лучших в Советском Союзе.   

В 1990-х годах сад вновь пришел в запустение. Зимой 1991-92 гг. из-за аварии теплотрассы замерзло большинство растений в оранжереях (более 60%). Здания и инфраструктура находились в нарушенном состоянии. Новый этап возрождения Ботанического сада ИГУ начался в 1992 году, когда директором был назначен Виктор Яковлевич Кузеванов.

В 2015 году была проведена реорганизация, Ботанический сад влился в состав биолого-почвенного факультета ИГУ в качестве структурного подразделения. Заведующей Ботаническим садом была назначена Светлана Витальевна Сизых. В настоящее время в Саду работает сплоченный творческий коллектив, готовый решать задачи, связанные с экологическими, социальными и экономическими проблемами современного мира.

Использованы материалы сайта http://bg.isu.ru/ru