Основные действия развернулись в Глазковском предместье. По приказу Политцентра Калашников и Мерхалев возглавили выступление в Глазкове 53-го Сибирского стрелкового полка. Одновременно восстала Иркутская бригада. С переходом к повстанцам местной бригады в их руках оказалась важные военные склады станции Батарейная, которые она охраняла. Были созданы рабочие дружины в Глазкове и в Знаменском предместье Иркутска. Повстанцы сформировали Народно-революционную армию, которую возглавил Калашников.
Однако сразу захватить весь город повстанцы не смогли. Планировавшийся переход ряда частей в центре города на сторону мятежников был парализован из-за арестов руководителей Политцентра. Оставшиеся верными Колчаку части (самыми стойкими были юнкера и кадеты) от восставших отделяла ещё не замёрзшая Ангара. Понтонный мост был сорван ледоходом, а пароходы контролировались интервентами. Начальник Иркутского гарнизона генерал-майор Сычёв планировал атаковать мятежников, но ему запретил командующий интервентами генерал Жанен. Он объявил полосу, где находились восставшие, нейтральной. Чешские войска не вмешивались.
Атаман Семёнов, которого Колчак назначил командующим войсками Забайкальского, Приамурского и Иркутского военных округов, и произвёл в генерал-лейтенанты, только сейчас, после восстания в Иркутске, почуял угрозу для себя. Он направил в Иркутск небольшой отряд во главе с генерал-майором Скипетровым (около 1 тыс. человек). Семёновцы прибыли по железной дороге к Иркутску 30 декабря. Их поддерживало три бронепоезда. Однако на станцию Иркутск бронепоезда белых не попали, так как железнодорожники пустили навстречу головному бронепоезду паровоз, повредив его и путь. Тогда белые начали атаку Глазкова. Но их атаку остановили чехи. Они потребовали отвода войск на станцию Байкал, грозя в противном случае применить вооружённую силу. Чешский бронепоезд «Орлик» был по вооружению мощнее трёх бронепоездов семёновцев вместе взятых. Не имея связи с городом, из-за малочисленности и низкой боеспособности своего отряда, подготовленности обороны противника, крупных сил рабоче-крестьянских дружин и партизан, Скипетров отступил.
Затем чешские войска при поддержке американцев уничтожили бронепоезда Семёнова, нанесли поражение и пленили семёновцев на станции Байкал и других пунктах. Тем самым интервенты разблокировали участок Сибирской железной магистрали, который контролировали атаман.
Тем временем оставшиеся к Иркутске колчаковские части под давлением интервентов были полностью дезорганизованы. Генерал Сычёв с группой офицеров бежал за Байкал. 4 января 1920 года в центре Иркутска подняла восстание военно-революционная организация Политцентра, на её сторону перешли оставшиеся белые части и местные иркутские казаки. Иркутские юнкера ещё некоторое время держались, затем сложили оружие. Колчаковские правительство в Иркутске было арестовано. К 5 января весь Иркутск оказался под властью Политцентра. Сформированный Политцентром Временный совет Сибирского народного управления объявил себя властью на территории, «очищенной от власти реакции» от Иркутска до Красноярска. Временный совет был объявлен высшим органом государственной и законодательным власти в Сибири, а Политцентр – исполнительным органом Временного совета.