И только в 1943 году постановлением Совнаркома раздельное обучение мальчиков и девочек было введено в Москве, Ленинграде, в столицах союзных и автономных республик и крупных промышленных центрах. Одним из аргументов в пользу раздельного обучения стало утверждение о том, что природа детей в зависимости от половой принадлежности различна, поэтому девочек в школах необходимо готовить к будущей жизни иначе, чем мальчиков. Раздельные школы предполагалось сделать образцовыми по сравнению с обычными совместными. Государство озаботилось сделать из мальчиков «мужчин-защитников», а из девочек — «матерей-тружениц». Соответственно, в женских школах девочки стали изучать педагогику, рукоделие и стенографию, а в мужских преобладали начальная военная и физическая подготовки. Нововведение планировали осуществлять поэтапно, в 1945 году оно распространилось на 146 городов, на практике же реорганизация школьного образования охватила примерно пятую часть средних школ страны, исключая школы в маленьких городах и в сельской местности.

 В  1947 году Иркутская СОШ № 26 стала женской.  Однако вырастить «советских гимназисток и кадетов» в итоге так и не получилось. В 1952 году министр просвещения РСФСР Иван Каиров пожаловался на резкое увеличение случаев нарушения дисциплины учащимися мужских школ.  Н. С. Хрущёв посчитал необходимым отменить раздельное обучение на том основании, что оно, по его мнению, не соответствовало задачам коммунистического воспитания молодёжи. В тот период оно сохранилось только в суворовских и нахимовских училищах. В 1954 год происходит объединение двух школ: женской №26 и мужской №30.