В 1790 году для семинарии было построено специальное здание неподалеку от архиерейского дома на берегу Ангары. В этом же здании поместилось и уездное Духовное училище. Ректорами Духовной семинарии, как правило, были настоятели Иркутского Вознесенского монастыря.
В 1846 году для семинарии было построено новое двухэтажное здание на Успенской (Декабристов) площади. С 1866 года при семинарии начала действовать воскресная школа.
В 1912 году при Иркутской духовной семинарии открылось церковно-историческое общество, целью которого было производить розыски, обследование и хранение памятников церковной древности и истории в Иркутской губернии.
В 1916 году решался вопрос об учреждении в Иркутске высшего духовного учебного заведения, Иркутской духовной академии.
Семинария была закрыта в 1919 году. На содержание ее было ассигновано 2 тыс. р.
