Весь режим работы школы был определен «Духовным регламентом», утвержденным Петром I. Согласно этому документу, предусматривалась замкнутость школы. Учащиеся жили при школе, с родителями встречались редко. Беспрекословная дисциплина, муштра, розги и другие наказания были причиной многочисленных побегов учеников. Школьники обслуживали сами себя, имели трудовые поручения. При школе существовала небольшая библиотека.
Учебного года как такового не было. Каникулы (вакации) стали предоставляться летом на полтора месяца лишь во втором десятилетии существования школы: об учениках и их успехах подавалась ежегодно Преосвященному ведомость; ученикам давалась вакация, по примеру Московской академии, с 15 июля по 1 сентября.
Первоначально содержание школы осуществлялось согласно росписи архимандрита Антония за счет средств монастырей: Селенгинского Троицкого, Киренского Троицкого, Посольского Преображенского и Иркутского Вознесенского. В месяц на содержание каждого ученика полагалось: 10 алтын деньгами на одежду, 2 пуда ржаной муки, 5 фунтов круп, 2 фунта соли. Каждому монастырю отдельно определялся размер содержания. Так, Киренский монастырь поставлял, кроме питания, на 8 человек овчину для шуб учеников и овечью шерсть. Иркутский Вознесенский монастырь обеспечивал содержание учителей и школьное помещение. Поставки из монастырей должны были осуществляться 1 раз в квартал, но, как правило, они задерживались и поступали в меньшем количестве. В целях упорядочения поставок и экономного их использования епископ Иннокентий Кульчицкий учредил должность старосты. Первым заведующим школьным хозяйством стал «старательный, опытный и честный» Василий Коротаев из Знаменского женского монастыря
