27 сентября 1997 г. распахнула свои двери для учеников школа №41. Здание школы в микрорайоне Университетском возводила компания АГРОДОРСПЕЦСТРОЙ. В 1998 г. школа № 41 получила статус гимназии № 2. До 2008 г. ее директором работал Заслуженный учитель Российской Федерации Абаринов Н.Н. В гимназии обучается более 2000 учеников.
За 25 лет работы ее окончили 2622 выпускника. С самого начала в гимназии создавалась и поддерживалась атмосфера доверия, уважения, товарищества, успеха. Ежегодно гимназисты являются призерами олимпиад разного уровня, победителями и дипломантами окружных, городских, областных, российских конференций и конкурсов. В гимназии появились замечательные традиции: «День рождения гимназии», «Посвящение в гимназисты», конкурсы «Лучший ученик гимназии», «Лучший учитель гимназии», «Театральный фестиваль «Друзья Мельпомены», «День здоровья на природе» и другие. Творческие отчеты учителей, научно-практические конференции, семинары, открытые уроки, педагогические чтения позволяют распространять опыт работы педагогов гимназии в городе и области. В 2004 г. гимназия стала победителем в городском конкурсе «Образцовое образовательное учреждение», победителем приоритетного Национального проекта «Образование», заняла первое место на областном образовательном форуме, в 2007 г. стала победителем городского образовательного форума. В 2013, 2014, 2015, 2016 гг. гимназия включена в Национальный реестр «Ведущие образовательные учреждения России». 2014 г. – Почетный диплом победителя Всероссийского конкурса «Сто лучших предприятий и организаций России – 2014» в номинации «Лучшее учебное заведение»; Золотая медаль, Лауреат конкурса «Сто лучших школ России» в номинации «Лучшая гимназия» II Всероссийского образовательного конкурса «Школа будущего: проблемы и перспективы развития современной школы в России»; Национальная премия в области образования «Элита Российского образования» в номинации «Лучшая образовательная организация общего образования, реализующая программы гражданского, патриотического и духовно-нравственного воспитания детей и молодежи – 2014». 2015 г. – Победитель муниципального конкурса «ТОП -10» лучших образовательных организаций г. Иркутска, призер муниципального конкурса «Лучшее инновационное образовательное учреждение». 2016 г.- Победитель регионального Зимнего фестиваля «ВФСК ГТО». 2017 г. – присвоен статус «Ассоциированная школа ЮНЕСКО».
